Il grande successo e la popolarità del "Flauto magico", con i suoi numerosi temi e significati, hanno sempre solleticato l'immaginazione degli artisti venuti in contatto con il capolavoro di Mozart.

Nel 1795, soltanto quattro anni dopo la prima rappresentazione dell'opera, il grande scrittore tedesco Johann Wolfgang von Goethe cominciò a scrivere il libretto per un seguito ideale, in cui ritornavano tutti i personaggi della storia originale. In una lettera, l'amico Friedrich Schiller lo mette in guardia: "Se lei non ha, per il seguito della "Zauberflöte", un compositore apprezzato e valente, rischia, io temo, di trovare un pubblico ingrato, perché nelle rappresentazioni nessun testo salva l'opera se la musica non è riuscita: piuttosto, si scarica sui poeti l'onere del fallimento". E Goethe, di fronte alla morte prematura di Mozart, sa bene che non sarà facile trovare un valido sostituto. Nel 1796 ritiene di averlo individuato in Paul Wranitzky, maestro di cappella a Vienna e già autore di un'opera, "Oberon", che aveva probabilmente ispirato in parte quella di Schikaneder. Ma il compositore, con gran disappunto di Goethe, si tirerà indietro, non ritenendosi all'altezza di un confronto diretto con Mozart e suggerendo allo scrittore di pensare ad un altro soggetto.

Deluso, per due anni Goethe lascerà da parte il suo "Flauto magico", salvo riprenderlo in mano nel 1798 su suggerimento di August Iffland, drammaturgo massone e direttore del Teatro di Berlino, dove intendeva rappresentarlo. La ricerca di un compositore tuttavia non andò a buon fine nemmeno questa volta (furono fatti i nomi, fra gli altri, di Johann Friedrich Reichardt e Carl Friedrich Zelter) e l'opera non vedrà mai il palcoscenico. Nel 1802 il testo sarà pubblicato in una prima forma frammentaria, per poi essere rieditato nel 1807 come testo teatrale a sé stante, con una trama più compiuta (almeno a livello simbolico: drammaturgicamente mancano invece alcune risoluzioni) e una "apoteosi" conclusiva (una tradizionale scena finale per l'epoca). Alcune annotazioni e appunti di Goethe rivelano comunque alcune delle sue intenzioni per lo sviluppo della storia nel caso l'avesse completata.

La trama ruota attorno al figlio di Pamina e Tamino che, appena nato, è stato rapito da Monostatos e dai suoi mori al servizio della Regina della Notte. Il bambino è stato rinchiuso in un sarcofago magicamente sigillato. Nel frattempo, Papageno e Papagena sono tristi perché non riescono in alcun modo ad avere bambini. Saranno però aiutati dalla magia di Sarastro, che ha abbandonato la comunità dei sacerdoti per andare in pellegrinaggio per il mondo. Riconoscente, Papageno si reca al palazzo reale per portare soccorso a Tamino con il flauto magico (che il principe gli aveva donato). Dopo un confronto con la Regina della Notte, il sarcofago si apre e il bambino ne esce sotto forma di "genio", per dispensare luce sull'umanità. Le idee, i temi e i simboli sembrano a tratti prefigurare alcuni passaggi del "Faust".

Se, come detto, il progetto di Goethe non sarà mai completato, diversa è invece la sorte di un altro seguito del "Flauto magico", questa volta "ufficiale" visto che è firmato dallo stesso librettista dell'originale, vale a dire Emanuel Schikaneder. Si tratta di "Das Labyrinth, oder Der Kampf mit den Elementen" ("Il labirinto, ovvero la lotta con gli elementi"), sottotitolato "Der Zauberflöte zweyter Theil" ("La seconda parte del Flauto magico"), singspiel in due atti con musica composta da Peter von Winter, andato in scena per la prima volta il 12 giugno 1798 al Theater auf der Wieden di Vienna, lo stesso dove era stata inaugurata l'opera di Mozart. Sia Schikaneder sia Josepha Hofer, la cognata di Mozart, ripresero i loro ruoli (rispettivamente Papageno e la Regina della Notte). Stando a Wikipedia, questa è la trama: "Dopo aver sconfitto il fuoco e l'acqua ci sono ancora due elementi da affrontare per Pamina e Tamino: l'aria e la terra. Tipheus, il re di Paphos, cerca di separare la coppia di fidanzati, mentre Monostatos – approfittando dell'assenza di Papageno, andato in cerca dei propri genitori e fratelli – insidia Papagena". Fra le prove che Tamino e Pamina devono superare c'è stavolta un labirinto sotterraneo (che dà il titolo all'opera), dove dovranno guardarsi dalle insidie della Regina della Notte.

Su YouTube si trovano diversi spezzoni di quest'opera, che di recente è tornata a essere rappresentata (per esempio al festival di Salisburgo nel 2012). Come si vede, Winter prova a emulare Mozart:

"Ha! Wohl mir! Höre es Natur!" Sarah Traubel (Regina della Notte)

"Ach! ich muß alleine tragen" Jana Büchner (Pamina)

A parte questi tentativi di dare un seguito all'opera, lo stesso "Zauberflöte" originale è stato di frequente rivisitato e riadattato, nelle chiavi più varie e con esiti differenti. Si va dal minimalistico "Un flauto magico" di Peter Brook, alla versione videogame del Pacific Opera Project, passando per la rilettura africana "Impempe Yomlingo" e quella romana de "Il flauto magico di piazza Vittorio". Tutto ciò senza contare, naturalmente, gli allestimenti più o meno originali o innovativi dell'opera mozartiana nei teatri di tutto il mondo (con i setting più vari: da un'aula scolastica alle cucine di un albergo!).