Fra gli ultimi brani dell'opera a essere stati composti, l'ouverture del "Flauto magico" rispecchia al suo interno la molteplicità di suggestioni e di stati d'animo che pervaderà anche l'opera stessa. L'apertura lenta e solenne (adagio) suggerisce che stiamo per inoltrarci in un mondo magico e misterioso, ricco di simboli e di significati allegorici. La sezione principale (allegro), invece, è vivace e finanche frenetica (a seconda delle esecuzioni), in stile contrappuntistico e fugato, come una fiaba indiavolata che segue personaggi che non stanno mai fermi e situazioni che si avvicendano.

Da notare inoltre il triplice accordo (anzi, si tratta di tre gruppi di tre accordi!) che a un certo punto interrompe l'azione, e che sembra quasi dare una conclusione anticipata al brano, prima che questo riprenda con il tema dell'allegro. Il numero tre (che ricorrerà in molteplici modi in tutta l'opera, sia nella musica – che in gran parte è scritta nella tonalità di mi bemolle maggiore, ovvero con tre bemolle nell'armatura di chiave – sia nel testo del libretto: tre sono le porte del Tempio della Saggezza, e a guidarci nella storia ci sono addirittura "terne" di personaggi, come i Tre Fanciulli o le Tre Dame), naturalmente portatore di numerosi significati simbolici, era particolarmente importante per la massoneria e i suoi rituali: tre, per esempio, sono i colpi con cui i membri della setta vengono ammessi alla cerimonia di iniziazione. Nel secondo atto, in particolare, sentiremo più volte esempi di triplici accordi.

Il critico musicale Charles Osborne associa la severità dell'adagio iniziale a uno degli aspetti dell'opera, la sua "serietà morale", e la vivacità dell'allegro all'elemento "clownesco Schikanederiano che costituisce ugualmente una parte dello Zauberflöte". Nel film "Amadeus", il passaggio improvviso dalla solennità dell'uno alla vivacità dell'altro viene utilizzato per sottolineare dinamicamente la varietà di stati d'animo (ai limiti della pazzia) del compositore:


Nelle trasposizioni cinematografiche, la scelta di come rendere sullo schermo l'ouverture (in cui, di fatto, l'azione scenica non è ancora cominciata) è sempre molto interessante. Ingmar Bergman, nel suo film del 1975, ha scelto di mostrare i primi piani del pubblico che, nella sala di un teatro, sta assistendo all'esecuzione. Kenneth Branagh, invece, ne approfitta per introdurre il particolare setting che ha scelto per la sua pellicola, quello di un conflitto fiabesco (fra eserciti immaginari) che ricorda nell'iconografia la prima guerra mondiale e le sue trincee. La scena è degna di nota perché si tratta di un unico, elaborato piano sequenza (sia pure realizzato digitalmente).


Il tema principale dell'ouverture sembra rifarsi a quello della sonata per pianoforte in si bemolle maggiore (op. 24 n. 2) di Muzio Clementi, su cui Mozart costruisce una ricca serie di variazioni. Il compositore salisburghese aveva conosciuto Clementi dieci anni prima, nel 1781, quando l'italiano, in tourneé per le corti europee, aveva raggiunto Vienna. Il 24 dicembre di quell'anno, infatti, i due si resero protagonisti di un "duello pianistico" alla presenza dell'imperatore Giuseppe II. Queste sfide erano competizioni assai frequenti all'epoca, un modo per mettere a confronto due musicisti nell'interpretazione di brani più o meno virtuosistici o nell'esibizione delle proprie capacità compositive o di improvvisazione. Cito da Wikipedia:

In una [...] lettera al padre datata 16 gennaio 1782 Mozart racconta come si è svolto il duello con Clementi. I due, dopo essersi scambiati reciprocamente i complimenti di rito, assecondarono le richieste da parte dei reali. L'Imperatore Giuseppe II decise che a cominciare sarebbe stato Clementi, il quale preludiò ed eseguì per intero una sonata. A seguire Mozart suonò una serie di variazioni su un tema. Al termine delle due esibizioni la granduchessa Sofia Dorotea di Württemburg presentò ai due sfidanti lo spartito da lei trascritto di alcune sonate di Giovanni Paisiello, suo maestro di musica a San Pietroburgo. Mozart dovette suonare il tempo Allegro della sonata mentre Clementi l'Andante e il Rondò. Infine i due si alternarono su due pianoforti nell'esecuzione di una serie di variazioni sul tema. Nella lettera Mozart sottolinea come l'imperatore avesse voluto mettere alla prova il maestro italiano assegnandogli uno strumento scordato e con tre tasti bloccati. Secondo il compositore austriaco l'unica dote di Clementi era una solida capacità tecnica. Al contrario Clementi si espresse in termini più generosi. Sebbene Mozart fosse considerato il vincitore del duello ciò non lo aiutò ad ottenere lo sperato incarico presso la corte viennese.

Non è chiaro se la sonata eseguita da Clementi fosse quella in si bemolle maggiore: se così fosse, evidentemente rimase impressa a Mozart al punto da riutilizzarne le battute iniziali nell'ouverture del "Flauto magico".