Fra gli ultimi brani dell'opera a essere stati composti, l'ouverture del "Flauto magico" rispecchia al suo interno la molteplicità di suggestioni e di stati d'animo che pervaderà anche l'opera stessa. L'apertura lenta e solenne (adagio) suggerisce che stiamo per inoltrarci in un mondo magico e misterioso, ricco di simboli e di significati allegorici. La sezione principale (allegro), invece, è vivace e finanche frenetica (a seconda delle esecuzioni), in stile contrappuntistico e fugato, come una fiaba indiavolata che segue personaggi che non stanno mai fermi e situazioni che si avvicendano.
Da notare inoltre il triplice accordo (anzi, si tratta di tre gruppi di tre accordi!) che a un certo punto interrompe l'azione, e che sembra quasi dare una conclusione anticipata al brano, prima che questo riprenda con il tema dell'allegro. Il numero tre (che ricorrerà in molteplici modi in tutta l'opera, sia nella musica – che in gran parte è scritta nella tonalità di mi bemolle maggiore, ovvero con tre bemolle nell'armatura di chiave – sia nel testo del libretto: tre sono le porte del Tempio della Saggezza, e a guidarci nella storia ci sono addirittura "terne" di personaggi, come i Tre Fanciulli o le Tre Dame), naturalmente portatore di numerosi significati simbolici, era particolarmente importante per la massoneria e i suoi rituali: tre, per esempio, sono i colpi con cui i membri della setta vengono ammessi alla cerimonia di iniziazione. Nel secondo atto, in particolare, sentiremo più volte esempi di triplici accordi.
dir: Colin Davis
dir: Riccardo Muti
Il critico musicale Charles Osborne associa la severità dell'adagio iniziale a uno degli aspetti dell'opera, la sua "serietà morale", e la vivacità dell'allegro all'elemento "clownesco Schikanederiano che costituisce ugualmente una parte dello Zauberflöte". Nel film "Amadeus", il passaggio improvviso dalla solennità dell'uno alla vivacità dell'altro viene utilizzato per sottolineare dinamicamente la varietà di stati d'animo (ai limiti della pazzia) del compositore:
dal film "Amadeus" (1984) di Miloš Forman
Nelle trasposizioni cinematografiche, la scelta di come rendere sullo schermo l'ouverture (in cui, di fatto, l'azione scenica non è ancora cominciata) è sempre molto interessante. Ingmar Bergman, nel suo film del 1975, ha scelto di mostrare i primi piani del pubblico che, nella sala di un teatro, sta assistendo all'esecuzione. Kenneth Branagh, invece, ne approfitta per introdurre il particolare setting che ha scelto per la sua pellicola, quello di un conflitto fiabesco (fra eserciti immaginari) che ricorda nell'iconografia la prima guerra mondiale e le sue trincee. La scena è degna di nota perché si tratta di un unico, elaborato piano sequenza (sia pure realizzato digitalmente).
dal film "Il flauto magico" (2006) di Kenneth Branagh
Il tema principale dell'ouverture sembra rifarsi a quello della sonata per pianoforte in si bemolle maggiore (op. 24 n. 2) di Muzio Clementi, su cui Mozart costruisce una ricca serie di variazioni. Il compositore salisburghese aveva conosciuto Clementi dieci anni prima, nel 1781, quando l'italiano, in tourneé per le corti europee, aveva raggiunto Vienna. Il 24 dicembre di quell'anno, infatti, i due si resero protagonisti di un "duello pianistico" alla presenza dell'imperatore Giuseppe II. Queste sfide erano competizioni assai frequenti all'epoca, un modo per mettere a confronto due musicisti nell'interpretazione di brani più o meno virtuosistici o nell'esibizione delle proprie capacità compositive o di improvvisazione. Cito da Wikipedia:
In una [...] lettera al padre datata 16 gennaio 1782 Mozart racconta come si è svolto il duello con Clementi. I due, dopo essersi scambiati reciprocamente i complimenti di rito, assecondarono le richieste da parte dei reali. L'Imperatore Giuseppe II decise che a cominciare sarebbe stato Clementi, il quale preludiò ed eseguì per intero una sonata. A seguire Mozart suonò una serie di variazioni su un tema. Al termine delle due esibizioni la granduchessa Sofia Dorotea di Württemburg presentò ai due sfidanti lo spartito da lei trascritto di alcune sonate di Giovanni Paisiello, suo maestro di musica a San Pietroburgo. Mozart dovette suonare il tempo Allegro della sonata mentre Clementi l'Andante e il Rondò. Infine i due si alternarono su due pianoforti nell'esecuzione di una serie di variazioni sul tema. Nella lettera Mozart sottolinea come l'imperatore avesse voluto mettere alla prova il maestro italiano assegnandogli uno strumento scordato e con tre tasti bloccati. Secondo il compositore austriaco l'unica dote di Clementi era una solida capacità tecnica. Al contrario Clementi si espresse in termini più generosi. Sebbene Mozart fosse considerato il vincitore del duello ciò non lo aiutò ad ottenere lo sperato incarico presso la corte viennese.Non è chiaro se la sonata eseguita da Clementi fosse quella in si bemolle maggiore: se così fosse, evidentemente rimase impressa a Mozart al punto da riutilizzarne le battute iniziali nell'ouverture del "Flauto magico".
Sonata in si bemolle maggiore, op. 24 n. 2, di Muzio Clementi
A fianco delle tre opere "italiane" composte sui libretti di Lorenzo Da Ponte ("Le nozze di Figaro", "Don Giovanni" e "Così fan tutte"), "Il flauto magico" è considerato il capolavoro operistico di 
In ogni caso, il contesto in cui nacque "Die Zauberflöte" è molto diverso da quello dei lavori precedenti. Realizzato per conto dell'amico e impresario 
Mozart aveva conosciuto Schikaneder già nel 1780, quando questi era passato per Salisburgo con la sua compagnia teatrale in tournée. E lo aveva ritrovato a Vienna, dove dal 1789 aveva preso in gestione il teatro Auf der Wieden. Fra i membri della troupe spiccava il tenore e compositore Benedikt Schack, grande amico di Mozart (sarà anche il primo Tamino). Tramite lui, Amadeus cominciò a frequentare sempre di più il teatro, la cui atmosfera popolaresca e giocosa, così distante da quella di corte, gli piaceva molto, al punto da contribuire occasionalmente alle sue rappresentazioni (nel 1790 scrisse per esempio un duetto per l'opera collaborativa "La pietra filosofale", una favola che per molti versi anticipa proprio "Il flauto magico"). Si trattava di spettacoli dove "si mescolavano elementi popolari come le «macchine» teatrali, la comicità dialettale e naturalmente la musica. Vi si raccoglievano gli ultimi rivoli di una tradizione molto antica, risalente al secolo precedente, in cui le «macchine» avevano costituito una meraviglia del teatro barocco" (Claudio Casini). I maggiori successi di Schikaneder furono del resto "quei lavori teatrali nei quali poté spiegare effetti scenici grandiosi, sia facendo appello attraverso i suoi attori e attrici alle reazioni emotive del pubblico, di cui immediatamente e ovunque indovinava i desideri, sia anche con l'uso dei più svariati macchinari, di giochi di luce, fuochi d'artificio, effetti sonori" (Wolfgang Hildesheimer).
Quando Schikaneder propose a Mozart di comporre per lui una "Zauberoper" (opera magica), inserì nel libretto suggestioni provenienti dalle fonti più disparate, spesso senza badare troppo alla coerenza dell'insieme: dal legame fra i misteri egizi e i rituali di iniziazione alla massoneria, alle citazioni dalle molte opere a carattere favolistico che aveva già portato in scena (su tutti "Oberon" di Paul Wranitzky, il cui libretto di Karl Ludwig Giesecke – in realtà plagiato da quello di Friederike Sophie Seyler – era tratto da un poema del massone 
Commissionata probabilmente nel maggio del 1791, l'opera venne composta durante l'estate. Molte parti furono scritte su misura per quelli che ne sarebbero stati i primi interpreti: in particolare Schikaneder per Papageno, uno ruolo comico e non particolarmente impegnativo, e Josepha Hofer, cognata del compositore (era la sorella di sua moglie Constanze), per la Regina della Notte, una parte difficile che richiedeva grande agilità ed estensione vocale. Si spiega così anche la forte differenza stilistica e strutturale fra i diversi brani al suo interno.
Il 30 settembre lo stesso Mozart ne diresse la prima rappresentazione: il successo di pubblico fu subito notevolissimo, tanto che nei mesi successivi l'opera rimase in cartellone praticamente ogni sera. Dopo la replica del 7 ottobre, alla quale aveva assistito da un palco, Mozart scrisse a Constanze: «Sono appena ritornato dall'opera, che era piena come sempre. [...] Ma quello che mi dà più piacere è l'approvazione silenziosa. Si può vedere come quest'opera venga sempre più apprezzata».
Molti dei brani più celebri dell'opera sono noti anche al grande pubblico. Chi non ha mai sentito la virtuosistica aria "Der Hölle Rache" della Regina della Notte, o il duetto "Pa-Pa-Pa-Pa" fra Papageno e Papagena, utilizzati frequentemente anche in pubblicità? Inoltre, essendo l'ambientazione dell'opera così fantastica e densa di significati allegorici universali, le varianti negli allestimenti e nelle regie che si possono vedere a teatro sono innumerevoli: si va da un'aula scolastica alla cucina di un albergo, da un setting fantascientifico alla prima guerra mondiale (come nel film di 
La conclusione è riservata a Edgardo che, ignaro della tragedia occorsa, sta attendendo nel cimitero di famiglia che sorga l'alba per affrontare Enrico in duello. La sua intenzione, in realtà, è quella di lasciarsi uccidere dal rivale ("Cessò dell’ira il breve foco… sul nemico acciaro abbandonar mi vo’"): ora che la sua amata Lucia si è (felicemente, almeno così crede) sposata con un altro uomo, la vita per lui non ha infatti più valore. L'intera scena, sin dall'introduzione musicale al recitativo, è ammantata di toni lugubri e funerei.
La scena della pazzia prosegue con una serie di scambi e di dialoghi fra gli altri personaggi. In particolare giunge Enrico, di ritorno da Wolfcrag e già informato dei tragici eventi. Sta per scagliarsi contro Lucia, vorrebbe punirla, quando si avvede forse per la prima volta delle sue condizioni. Nel frattempo la fanciulla, nel suo delirio, continua a rivivere i dolorosi eventi della giornata precedente, con il coro e la musica di Donizetti a sottolineare ogni passaggio e a rendere anche noi spettatori partecipi di tale rievocazione.
L'opera però non termina con l'uscita di scena della protagonista. Segue infatti un breve recitativo ("Si tragga altrove..."), spesso omesso, in cui congediamo Enrico e dove Raimondo accusa Normanno di essere la causa primaria di tutto. E poi c'è la scena finale riservata ad Edgardo, il cui suicidio (lui sì!) fa calare definitivamente il sipario. Nel tardo diciannovesimo secolo (più o meno nello stesso periodo in cui si comincia ad aggiungere la lunga cadenza accompagnata con il flauto a "Il dolce suono"), anche questa scena era tradizionalmente omessa (o magari riposizionata più indietro) e l'opera si concludeva con la scena della pazzia. Si trattava di un cosiddetto "vanity cut", ovvero di un taglio effettuato con lo scopo di offrire alla diva di turno l'onore della calata del sipario. Pare che il problema fosse già sorto durante le prove della prima rappresentazione. Dice William Ashbrook:
Inconsapevole della situazione, delle proprie azioni e della presenza della gente intorno a lei, Lucia si rivolge direttamente ad Edgardo, come se fosse lì (magari scambiando uno degli astanti per l'amato), e immagina di essersi riunita a lui ("Edgardo! Io ti son resa: / fuggita io son da’ tuoi nemici"). Il personaggio è certamente precipitato in questo stato a causa degli eventi, e in particolare dalle azioni e dalle pressioni sociali che gli uomini che l'hanno circondata (Enrico, Normanno, Raimondo e lo stesso Edgardo) hanno esercitato su di lei. E a farne le spese è innanzitutto lo sposo Arturo, che tutto sommato era forse uno dei più innocenti (anche se causa originale delle sue sciagure). Ma che Lucia già fosse fragile e sull'orlo della follia ci era stato suggerito più volte in precedenza, attraverso sottili allusioni musicali ma anche più esplicitamente nelle didascalie del libretto, che anche in questo si distingue dalla fonte originale (il romanzo di Walter Scott).
Naturalmente la scena è notevolissima anche dal punto di vista musicale, vero banco di prova per tante soprano sin dalla sua composizione. Nel corso degli anni, molte dive l'hanno interpretata a modo loro (d'altronde il brano è talmente complesso da rendere quasi inevitabile l'apparizione di varianti e versioni che ne mettono in evidenza le più diverse sfaccettature). Tradizionale, per esempio, è la scelta di abbassare l'intera aria di un tono (in Mi bemolle) rispetto alla partitura. Si noti poi come Donizetti prosegua ad accompagnare la voce di Lucia con uno strumento solista. Dopo l'arpa della cavatina "Regnava nel silenzio", tocca qui al flauto, con cui la voce della cantante è protagonista di un vero e proprio dialogo, in particolare nella celebre cadenza (che però sarebbe apparsa soltanto a partire dal 1889, quando 
Una nota a parte merita proprio l'accompagnamento con lo strumento solista. Il flauto non era stato la prima scelta di Donizetti: per accentuare il senso di alienazione e sottolineare la follia del personaggio, il compositore aveva pensato a uno strumento alquanto insolito, la 
